在元末明初的战争中，寒山寺再-次毁于战火。劫后的寒山寺儿乎完全被要掉。永乐三年，深谷昶禅师受僧录司之命任寒山寺住持。深谷昶禅师有戒行，为人老成持重，发心重建寺院。当时的条件非常艰苦，几乎是赤手空拳。深谷昶禅师不辞辛苦，向众檀越化缘募捐，同时亲自带领寺僧，铲除寺中杂生的荆棘，用箕畚运走瓦砾，做好寺院重建的清理工作。

       深谷昶禅师精于佛理，娴于寺院规划，首先建大雄宝殿。在大雄宝殿中央，是佛祖释迦牟尼佛的塑像，迦叶、阿难二位尊者陪侍两侧，再两侧是文殊、普贤二位菩萨。大殿两厢，是形神各异的十八罗汉塑像，在佛、菩萨之前，是秉持香炉的梵天和帝释。梵天，名叫尸弃，他深信正法，每逢有佛出世，必定前来请转法轮，深谷昶在大雄宝殿中立梵天像，是希望寒山寺法轮常转之意。帝释，是忉利天的天主，本为印度教神明，司职雷电与战斗。后被佛教吸收为护法神。释迦世尊成道后佛教产生，帝释天成为释尊之守护神。佛陀升于忉利天为母说法时，帝释天手持宝盖，担任佛陀之侍从。帝释天在佛教中的地位，与梵天同为佛教之护法主神，是佛教“二十诸天”中的第二位天王，乃十二天之一。镇护东方，居于须弥山顶之忉利天，其城称善见城。左右有十大天子侍卫其侧。他曾率诸天神以牛头旃檀树为佛陀及诸罗汉建造重阁讲堂，并奉献床榻卧具及各种饮食供养佛及弟子。帝释天常常和诸天在他的居所须弥山善见城相聚，商讨天下普恶诸事。

       经过深谷昶重建后的大殿内神圣庄严，香烟缭绕，透过烟雾望去，金光一片，仿佛释迦牟尼佛当年灵山一会俨然未散。

       大雄宝殿建成之后，接着又建方丈室、山门以及法堂、斋堂、库房等，凡是寺院应该有的，深谷昶禅师均一一规划，进行建设。这里特别应提到的是方丈室。深谷昶禅师在方丈室中设有寒山、拾得、丰干的塑像，这是现在已知的寒山寺有寒拾像的最早记载，用姚广孝的话就是“不忘其所自也”。

       新修的寒山寺“道场新,规模可睹”，从永乐三年受命来寺，到永乐十一年，短短八年，深谷昶禅师便使寒山寺重又屹立于枫江桥畔，继往开来，功不可没。